Sau bốn năm cầm quyền, chế độ Khmer Đỏ bị lật đổ năm 1979 sau cuộc Chiến tranh biên giới Tây Nam của Việt Nam và bị thay thế bởi những người Cộng sản ôn hòa hơn và ủng hộ Việt Nam. Khmer Đỏ tiếp tục tồn tại đến những năm 1990 như một phong trào kháng chiến hoạt động tại phía tây Campuchia từ các căn cứ ở Thái Lan. Năm 1996, sau một thỏa thuận hòa bình, lãnh đạo Pol Pot của họ chính thức giải tán tổ chức. Pol Pot qua đời ngày 15 tháng 4 năm 1998, chưa bao giờ bị đưa ra xét xử.[46]

Chế độ Khmer Đỏ chủ yếu bị nhớ tới với cái chết của ước tính 1.5 triệu người hay 1/5 tổng dân số đất nước[47] (các con số ước tính từ 850,000 đến 2.5 triệu người), trong những vụ hành quyết tra tấn, đói khát và lao động cưỡng bức. Bởi một số lượng lớn người chết, và bởi các nhóm sắc tộc và tôn giáo nhỏ là mục tiêu, những cái chết trong thời gian Khmer Đỏ cầm quyền tại Campuchia thường được coi là một vụ diệt chủng như được định nghĩa theo Hội nghị Liên hiệp quốc năm 1948.[48]

Ngày 14 tháng 11 năm 1979, Đại hội đồng Liên Hiệp Quốc ra nghị quyết "hối tiếc sâu sắc về sự can thiệp vũ trang của quân nước ngoài vào nội bộ Campuchia" và "kêu gọi rút ngay lập tức mọi lực lượng nước ngoài khỏi Campuchia, kêu gọi các nước kiềm chế không có hành động hay đe dọa gây hấn (aggression) và mọi hình thức can thiệp vào nội bộ các nước ở Đông Nam Á"[49]. Ngày 16 tháng 3 năm 1979, Hội đồng Bảo an bỏ phiếu về một nghị quyết do ASEAN bảo trợ, kêu gọi ngừng bắn trong toàn khu vực, rút quân đội nước ngoài, và giải quyết bằng hòa bình. Liên Xô buộc phải dùng quyền phủ quyết để bác bỏ nghị quyết này.[50]